Fakulta zdravotnických věd vznikla osamostatněním zdravotnických nelékařských oborů od Lékařské fakulty UP. Zdravotnické obory byly na LF UP pěstovány a rozvíjeny od roku 1992. Prvními zdravotnickými obory, které Lékařská fakulta otevřela, byly dva bakalářské studijní obory v prezenční formě studia: obor Ošetřovatelství a obor Léčebná rehabilitace a fyzioterapie.

V roce 2006 byla přijata změna Statutu Lékařské fakulty a bylo nově koncipováno pracoviště „Centrum zdravotnických (nelékařských) oborů“ v čele s ředitelem. Tato nová organizační struktura vznikla jako předstupeň FZV a nově organizovala pracoviště zdravotnických nelékařských oborů. V souvislosti s touto změnou byly zřízeny nové ústavy pro zdravotnické obory (Ústav fyzioterapie, Ústav radiologických metod, Ústav společenských a humanitních věd) a došlo k přejmenování Ústavu teorie a praxe ošetřovatelství na Ústav ošetřovatelství a porodní asistence. Dále pokračovaly práce na osamostatnění zdravotnických oborů s cílem dosáhnout založení samostatné Fakulty zdravotnických věd. V roce 2007 - 2008 probíhaly opět opakované akreditace zdravotnických oborů a byl předložen k rozšíření akreditace obor Porodní asistentka o kombinovanou formu studia a k akreditaci nově připravený doktorský studijní program v oboru Ošetřovatelství.